动物科技学院动物医学系是由动物医学专业和动物医学专业（医学动物实验方向）组成，两个专业均为北京市特色高水平骨干专业群建设专业。

动物医学系现有教职工16人，其中教授4人，副教授7人，北京市职业院校教学名师1人，北京市职业院校青年骨干教师1人。14名教师为双师型教师。

动物医学系拥有动物医学检测实训室、教学动物医院、教学牧场等校内实训基地和40多家紧密型校外实训基地。实验室配备彩色B超、全自动生化仪、动物呼吸麻醉机等先进的实验教学仪器设备。实验实训课时占总课时的50%以上，学生毕业可考取执业兽医师、执业兽医师助理证书。